El departamento de docencia del CIMA, actualmente adscrito a la Escuela Militar de Sanidad (EMISAN), tiene a su cargo las actividades específicas de enseñanza e instrucción referidas a las ciencias médicas vinculadas a la navegación en la atmósfera y en el espacio, y a la medicina aeronáutica en particular. Desarrolla una intensa actividad docente del ámbito de nuestras Fuerzas Armadas (pendiente de publicación oficial).
Al mismo tiempo colabora con la Universidad Complutense de Madrid y la Universidad San Pablo CEU en la asignatura optativa de Medicina Aeroespacial y participa en cursos monográficos de doctorado. También forma parte junto con el Ministerio de Fomento en el desarrollo de los cursos de Médicos Examinadores Aéreos.
La razón de ser de esta intensa actividad se sustenta en el tripulante aéreo, es decir, el ser humano que se va a exponer por unas razones u otras al medio aeroespacial. Un colectivo relativamente reducido y específico dentro de la población general que realiza unas actividades muy concretas en un medio muy especial.
En el ámbito militar imparte y colabora con otros centros en un gran número de cursos:
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